Wielu naukowców żywo interesuje się wpływem, jaki praktyka medytacji może wywierać na funkcjonowanie człowieka. Psychologia zdrowia i medycyna psychosomatyczna zaczęły wykorzystywać medytację jako technikę redukcji stresu. Szczególne zainteresowanie obserwuje się jej aspektem relaksacyjnym. Chociaż medytacja zasadniczo różni się od relaksacji, ale relaksacja stanowi jej istotny efekt. Jak wynika z wielu badań, efektem medytacji jest bowiem redukcja stresu, wyciszenie umysłu i zmniejszenie lęku. Praktyka ta normuje aktywność autonomicznego układu nerwowego, powoduje spowolnienie oddechu, akcji serca i zmniejszenie reakcji skórno-galwanicznej.
Medytacja, podobnie jak inne kompleksowe interwencje stosowane w medycynie, reprezentuje zespół specyficznych i niespecyficznych (incydentalnych, przypadkowych) elementów terapii. Te różne aspekty medytacji są trudne do klinicznej standaryzacji oraz pomiaru, które satysfakcjonowałyby przyczynowo-skutkowo zorientowaną metodologię medycyny jako nauki ścisłej (model eksplanacyjny).
Wyniki wielu badań potwierdzają hipotezę, że medytacja w istotnym stopniu osłabia negatywne efekty stresu przeciwdziała powstawaniu chorób związanych ze stresem, bo bezpośrednio wpływa pozytywnie na redukcję nasilenia każdej z głównych kategorii mechanizmów uciekaj-albo-walcz. Główne obszary obserwowanej skuteczności stosowania metod medytacji to: system sercowo-naczyniowy, (nad) ciśnienie tętnicze, system metaboliczny, oddychanie, napięcie mięśniowe, chroniczny ból, lęk, łuszczyca, rak, i inne.
Wyniki badań dotyczące neurologicznych skutków praktyki medytacji pokazują, że pracując z różnymi grupami klinicznymi, niektóre techniki medytacji są bardziej skuteczne, inne mniej. Ponadto w neuroobrazowaniu obserwuje się nieco inne wzory aktywności elektrycznej oraz zauważa się różnice w zaangażowaniu innych obszarów mózgu. Oznacza to, że – przynajmniej w odniesieniu do populacji klinicznej – oddziaływanie różnych technik medytacji wywołuje inne skutki. Biorąc pod uwagę heterogeniczność medytacyjnych technik, pojawia się postulat potrzeby komparatystycznych badań wyjaśniających, które efekty wynikają ze wspólnych mechanizmów, a które związane są z różnymi technikami medytacji.
Podsumowując wyniki badań przeprowadzonych w oparciu o metody neuroobrazowania należy stwierdzić, że występuje znaczna niezgodność między wynikami badań, która najprawdopodobniej wiąże się z brakiem standaryzowanych modeli dla oceny skutków medytacji, różnorodnością typów eksplorowanych praktyk i brakami metodologicznymi i technicznymi wczesnych studiów. Szeroka paleta stosowanych w badaniach technik medytacji prowadzi do uzyskiwania różnorodnych efektów psychologicznych, które z kolei wiążą się z różnymi zmianami psychobiologicznymi.
Wyniki badań z zakresu EEG charakteryzują się stosunkowo wysoką spójnością i pokazują, ze medytacja wiąże się ze wzrostami zespołów fal theta i alfy oraz spadkiem całkowitej częstotliwości elektrycznej. Zaczynają pojawić się i dynamizować badania dotyczące spójności i wzrostów amplitudy fal gamma. Wyniki badań z zakresu neuroobrazowania zaczynają nabierać coraz większej spójności pod względem lokalizacji obszarów mózgu, które aktywują się w czasie procesów medytacji (głównie czołowym i przedczołowymi).
Przegląd badań ujawnił, że wbrew temu, co się potocznie sądzi, medytacja pod względem pobudzenia nie jest wcale podobna do stanów odpoczynku, relaksu albo snu. Medytacja jest stanem, który świadomie kultywowany przygotowuje praktykującego do intensywniejszej uważności i większej analityczności, który cechuje się relaksacją. W tym stanie zrelaksowaną czujnością intuicyjne funkcje prawej półkuli mózgu i racjonalne lewej półkuli są wzmacniane poprzez procesy synchronizacji hemisferycznej oraz prowadzą – nie do osłabienia – ale do wzmocnienia procesów uczenia się, wzrostu i zmiany.
Postępujące badania z zakresu neuroplastyczności zachęcają klinicystów do postrzegania medytacji jako metody leczenia, która przynosi potencjalne długotrwałe korzyści. Pozytywna estymacja efektywności medytacji daje asumpt do pewnych przesunięć w paradygmacie zachodnich nauk dotyczących zdrowia, by bardziej skoncentrować na pozytywnych oddziaływaniach, niż skupiać się głównie na chorobie i patologii. To przesunięcie paradygmatu torowane jest od lat przez wielu badaczy, którzy promują takie pojęcia, takie jak rozwój, elastyczność i dobrostan (ang. well-being). Badacze ci – patrząc na wyniki badań dotyczących skutków medytacji – twierdzą, że nie jest prawdą, że szczęście jest ubocznym produktem pozytywnych okoliczności, ale może być umiejętnością, którą można samemu wyćwiczyć.